Analyses microbiologiques

Analyses microbiologiques

Pourquoi des analyses microbiologiques ?

Les aliments que nous consommons ne sont pas stériles : ils contiennent de nombreux micro-organismes tels que des bactéries, virus, parasites, levures et moisissures.

Producteurs et distributeurs  se doivent de garantir un produit sain, d’être sensible aux risques afférents à chaque produit et leurs impacts sur la santé publique.

De nombreux cas de « toxi-infections alimentaires » sont notifiés chaque année ; ces incidents, en plus du risque qu’ils représentent pour la santé publique, font souvent mauvaise publicité pour l’entreprise.

Il existe quatre catégories de microorganismes importants dans les aliments :

  • les micro-organismes « utiles », qui vont apporter à la denrée des propriétés organoleptiques (arômes, acidité, texture) ou une meilleure conservation ;
  • les micro-organismes « d’altération » qui dégradent les propriétés organoleptiques de l’aliment ;
  • les micro-organismes « indicateurs d’hygiène », dont le faible niveau de concentration indique l’acceptabilité du procédé de production ;
  • les micro-organismes « pathogènes », susceptibles de provoquer une maladie chez le consommateur (par l’invasion des cellules et/ou la production de toxines).

Le producteur qui met un aliment sur le marché doit s’assurer que l’aliment ne contient pas de germes susceptibles de rendre le consommateur malade.

Les critères microbiologiques

De quoi s’agit-il ?

Les critères microbiologiques définissent les niveaux maximums de contamination que l’on peut observer dans un produit donné pour pouvoir le considérer comme de qualité microbiologique acceptable. Ces limites sont le plus souvent exprimées en CFU (unités formant des colonies) .

Les denrées alimentaires en cours de production doivent satisfaire aux critères microbiologiques       « d’hygiène du procédé » (critères indicatifs à différentes étapes-clés de la production, indiquant la bonne maitrise du procédé de production). Pour pouvoir être mis sur le marché, les aliments doivent satisfaire aux critères microbiologiques « de sécurité » (critères impératifs définissant l’acceptabilité d’un lot de denrée).

Chaque critère définit plusieurs paramètres : la catégorie de produit, le microorganisme, la méthode analytique à utiliser (méthode de référence), le stade d’application, le nombre d’échantillons à analyser par lot de produit (n), l’éventuelle « tolérance » (c) et, enfin, les limites de contamination (m et M).

Comment se déroule une analyse ?

1-Contact avec le laboratoire :

  • Conseil : quelles analyses effectuer ? Exigences légales ?
  • Détails pratiques : échantillonnage et transport ? Délais ?planning ?
  • Offre de prix

2- Envoi des échantillons :

  • L’échantillonnage et le transport réfrigéré peuvent être réalisés par le laboratoire
  • Quantité minimale d’échantillon à fournir : généralement 50 à 100 g

3 – Analyses :

  • Durée des analyses : généralement entre 1 et 5 jours, en fonction du paramètre
  • Méthodes d’analyse utilisées : méthodes « de référence » ou méthodes « alternatives »

4- Rapport :

  • Résultats des dénombrements ou recherches
  • Eventuellement : interprétation des résultats ; comparaison aux critères en vigueur

5- Aide à l’interprétation :

  • Evaluation de la qualité microbiologique globale du produit
  • En cas de résultat non-conforme, aide à l’identification des causes et à l’amélioration du procédé de production

Types d’analyses microbiologiques :

Il existe de nombreux types d’analyses de microbiologie alimentaire :

Classiques : comme les dénombrements de micro-organismes d’altération ou indicateurs d’hygiène, ou encore les recherches de pathogènes :

Nom Description Origine Intérêt de l’analyse
Germes totaux aérobies mésophiles

ou Flore totale aérobie

Ensemble des micro-organismes se développant à 30°C en présence d’air, sur un milieu nutritif. Ce comptage inclut les bactéries, les levures et les moisissures. L’environnement, les matières premières, les manipulations. La teneur en germes totaux est plus élevée en cas de mauvaises pratiques de production (matières premières de mauvaise qualité, chaine du froid non respectée, nettoyage inefficace ou défaut de pasteurisation) La charge bactérienne présente dans le produit est un indicateur de l’hygiène globale du procès et de l’efficacité des techniques de conservation. Une charge supérieure à 106 CFU/g peut indiquer la présence d’une flore d’altération importante, et donc le risque de voir la denrée se dégrader rapidement.
Bactéries lactiques mésophiles Bactéries Gram +
qui produisent de l’acide lactique par fermentation. Les bactéries lactiques sont non-pathogènes, mais peuvent provoquer l’altération des denrées (fermentation et acidification).
Environnement (végétaux, sols, animaux, eaux, …). Présents en très grand nombre dans les produits fermentés (yaourt, choucroute, charcuteries). Indicateur de la fraicheur du produit (surtout pour les produits laitiers sous vide). Evaluation de conservation.
Entérobactéries Bactéries du tube digestif de l’homme et des mammifères. Certaines espèces inclues dans la famille des entérobactéries sont des pathogènes alimentaires notoires (par exemple Salmonella). Denrées souillées par des fèces : viande contaminée lors de l’éviscération ; légumes en contact avec du fumier, eaux souillées ou produits laitiers crus. Les entérobactéries proviennent souvent des matières premières ou d’une contamination croisée durant la production Indicateur de contamination fécale (humaine ou animale). La présence d’entérobactéries laisse suspecter la présence possible de pathogènes alimentaires.
Coliformes totaux Sous-famille des entérobactéries, caractérisées par leur capacité à fermenter le lactose. Ce groupe n’est constitué que de quelques espèces (dont E. coli). Mauvaise hygiène du matériel : problème de nettoyage et désinfection des surfaces, mains, contaminations croisées. Ou Traitement thermique inefficace (par exemple : lait mal pasteurisé). Indicateur de contamination fécale (hygiène lors du process).
Escherichia coli Espèce bactérienne appartenant aux entérobactéries et, plus spécifiquement, aux coliformes. Certaines souches d’E. coli sont pathogènes (la plus connue étant E. coli O157:H7). Tube digestif de l’homme et des animaux, le sol, l’eau, les fèces, le lait cru, ou la viande crue. E. coli est le meilleur indicateur de contamination fécale. Sa présence est généralement associée à un manque d’hygiène du personnel, ou à une contamination croisée.
Staphylocoques à coagulase positive Bactérie capable de produire une entérotoxine provoquant des vomissements violents et un malaise de courte durée (moins de 24h). Présente sur la peau et les muqueuses de l’homme et des animaux. Contamination fréquente par l’homme lors de la fabrication d’aliments (par manipulation ou par aérosol). Parfois transmise par un animal infecté. Indicateur d’hygiène : trahit une contamination humaine (mains, fosses nasales) ou une contamination par des animaux à sang chaud. Si   S. aureus se multiplie dans l’aliment (à >7°C), et atteint une concentration de 105 CFU/g, la bactérie peut produire sa toxine.
Bacillus cereus Bactérie sporulée, qui résiste à la cuisson et à la pasteurisation. Certaines souches sont pathogènes (production de toxines). Elles provoquent un syndrome émétique (vomissements) ou diarrhéique. Les spores de B. cereus proviennent de l’environnement (sol, eau, air). Les denrées céréalières (riz, pâtes), les épices et les produits laitiers sont souvent contaminés. Si B. cereus se multiplie dans l’aliment (par exemple à température ambiante), et atteint une concentration de 106 CFU/g, la bactérie peut produire ses toxines et provoquer des vomissements ou de la diarrhée.
Clostridium perfringens Bactérie anaérobie, sporulée (résiste à la cuisson !). Présente dans les carcasses (30%), les épices, l’environnement. Elle produit des toxines diarrhéiques induisant des symptômes de gastro-entérite. Environnement et tube digestif des mammifères. Aliments à risque : viandes préparées, sauces, épices. Le dénombrement de ce pathogène dans les plats préparés vise à s’assurer que la denrée ne contient pas un niveau de C. perfringens susceptible de provoquer une gastro-entérite chez le consommateur.
Levures et moisissures Micro-organismes capables de croître en conditions adverses (basse température, acidité, faible humidité). Certaines moisissures peuvent produire des mycotoxines cancérigènes. La «levure de bière» (Saccharomyces cerevisiae) est très utilisée en brasserie et en panification Les levures et moisissures sont presque impossibles à éviter ! Les spores de moisissures sont présentes partout dans l’air. On en retrouve davantage dans les endroits humides. Les levures sont présentes dans l’environnement et sur les végétaux. Les levures et moisissures sont des agents importants d’altération. Elles dégradent les denrées fraiches (fruits et légumes), réfrigérées (produits de viande, fromages), sèches (charcuteries) et acides (jus de fruits). Les moisissures produisant des mycotoxines représentent un danger pour la santé du consommateur.
Salmonelles Entérobactérie pathogène provoquant la salmonellose : diarrhée, douleurs abdominales, fièvre.

Les salmonelles sont responsables de la moitié des toxi-infections alimentaires déclarées.

Présente dans l’intestin de l’homme et des animaux (mammifères, oiseaux, reptiles,…). L’environnement (eaux, cultures) peut être contaminé par voie fécale. Aliments à risque : œufs insuffisamment cuits (mayonnaise, mousse au chocolat), volaille, viande, produits laitiers Les denrées à risque doivent être systématiquement contrôlées pour s’assurer de l’absence de salmonelles. C’est au producteur de déterminer la fréquence des analyses (par exemple 1 échantillon par lot) à réaliser pour s’assurer de la sureté de son produit.
Listeria monocytogenes Bactérie pathogène capable de croître à 4°C.

L. monocytogenes est surtout dangereuse pour les sujets fragiles (enfants, personnes âgées, femmes enceintes). Provoque la listériose (méningites, septicémies, avortements) avec un taux élevé de mortalité (30%).

Bactérie présente dans l’environnement et l’eau, chez les animaux (provoque des avortements et septicémies dans les élevages). On la retrouve dans les torchons et la plupart des réfrigérateurs ménagers ! Les principaux aliments à risque sont les (denrées prêtes à être consommées sans être recuites), telles que le saumon fumé, les charcuteries ou le fromage au lait cru. Analyses pour assurer l’absence de L. monocytogenes dans tous les aliments de type « Ready-To-Eat » où le pathogène pourrait se multiplier. Pour les « Ready-To-Eat » dans lesquels Listeria ne sait pas pousser (trop secs ou trop acides) : dénombrer le pathogène pour assurer que l’on ne dépasse pas la dose minimale infectieuse (100 CFU/g)
Pseudomonas Germes pathogènes ou d’altération, spécifiques à certaines denrées. Sources de contaminations diverses : matières premières, eaux, environnement, opérateurs. L’analyse n’est demandée que dans certaines denrées « sensibles ».

 

Analyses « sur-mesure » :

A côté des analyses dites « classiques » ou « de routine », Laboratoire AGROKAL également apte à répondre aux demandes d’analyses plus spécifiques, tels que :

  • Les tests de croissance,
  • La validation de la date limite de consommation (DLC)
  • Pour les aliments appertisés et assimilés : Contrôle de la stabilité, Détermination du pH

Sur base des exigences légales, le laboratoire pourra conseiller le client quant à l’utilité de réaliser ces analyses et au protocole à mettre en œuvre (par exemple le nombre de lots à analyser, les microorganismes à suivre et les températures de conservation).

Quelques définitions :

Validation de la durée de vie microbiologique Il s’agit d’une analyse de plus en plus demandée par les producteurs de denrées alimentaires. La validation de la DLC (date limite de consommation) d’un aliment consiste à placer plusieurs lots de cet aliment en conditions normales de conservation (généralement 7°C pour les denrées réfrigérées) et à dénombrer les principales flores pathogènes et d’altération en début et en fin de conservation afin d’évaluer leur croissance dans l’aliment.

Ces analyses permettent d’évaluer l’hygiène générale des installations, d’identifier les sources de contamination éventuelles et d’améliorer le système HACCP